Während die Anfänge der Pfarrei St. Jakob engstens mit der Entwicklung der „Urpfarrei des Bayerischen Waldes“ Chammünster verflochten sind, das wohl Mitte des 8. Jhdts. n. Chr. von Benediktinermönchen aus St. Emmeram gegründet worden war und Jahrhunderte hindurch den eigentlichen Pfarrsitz darstellte, datiert die erste schriftliche Erwähnung einer Kirche im heutigen Cham selbst aus dem Jahre 1210.
In einer in diesem Jahr ausgestellten Urkunde des Herzogs Ludwig I. von Bayern überträgt dieser unter anderem auch die Georgskirche der alten Reichsburg Cham (heute Altenstadt/Galgenberg) sowie eine Kirche „in novo foro Chambe“, also „auf dem neuen Markt(platz) Cham“ dem Deutschen Ritterorden.
Nachdem jedoch 1260 Chammünster dem Regensburger Domkapitel inkorporiert worden war, fielen 1283 nachweislich auch die beiden Kirchen der Stadt Cham demselben zu.
Der Pfarrpatron St. Jakobus d. Ä. wird erstmals 1369 urkundlich erwähnt.
War bis zur Mitte des 15. Jhdts. immer noch Chammünster der Pfarrsitz, so erfolgte wohl infolge der Wirren der Hussitenkriege die faktische Verlegung desselben nach Cham.
Aus dem Jahre 1485 schließlich ist uns ein Schriftstück erhalten, das die Residenzpflicht des jeweiligen Pfarrers in Cham regelt, der wohl bereits seit der zweiten Hälfte des 11. Jahrhundert zugleich auch einer der vier Erzdekane des Bistums war.
Im Zeitraum zwischen Reformation und Dreißigjährigem Krieg mußte die Stadt Cham, die seit 1352 an den kurpfälzischen Zweig der Wittelsbacher verpfändet war, mehrmals auf Geheiß des jeweiligen reformierten Pfälzer Landesherren die Konfession wechseln, ehe nach der Eroberung der Oberpfalz durch Kürfürst Maximilian I. von Bayern 1621 die Rekatholisierung der Stadt begann.
Eine Besonderheit stellt in diesen unruhigen Zeiten das Jahr 1622 dar, in dem für unsere Pfarrkirche ein sogenanntes Simultaneum belegt ist, d.h. eine gleichzeitige, wenn auch sehr konfliktgeladene Benutzung der Kirche durch Katholiken, Lutheraner und Calvinisten.
Zum Träger der Rekatholisierung von Stadt und Umland hatte Kurfürst Maximilian zwei Jesuitenpatres bestimmt: Andreas Aigenmann und Wolfgang Salzinger aus dem Ingolstädter Kolleg, die mit seelsorgerischem Elan und tatkräftiger Unterstützung des Kurfürsten an der Seite des neuen Erzdekans von Cham, Dr. Wolfgang Huber, trotz widriger Zeitumstände hier in wenigen Jahren äußerst erfolgreich wirkten.
Ab 1631 traten Franziskaner auf Veranlassung von Erzdekan Huber deren Nachfolge an, gründeten in Cham eine Niederlassung und übernahmen in dessen Auftrag einen großen Teil der eigentlichen seelsorgerlichen Betreuung der Stadt.
Erzdekan Huber und dessen teils äußerst namhaften Nachfolgern in den folgenden Jahrhunderten dagegen gelang es, in teils sehr schweren Zeiten für Stadt, Pfarrei und Erzdekanat durch ihr menschlich-seelsorgerisches, gestaltend-verwaltendes sowie nicht zuletzt auch baulich-kunstgeschichtliches Wirken allen Widrigkeiten zum Trotz diese erneut zu wahrer Blüte zu bringen.
Das 19. Jahrhundert brachte schließlich mit Säkularisation und der damit verbundenen Auflösung des Franziskanerklosters in Cham, sowie dem endgültigen Erlöschen der Einrichtung des Erzdekanates Cham in den Jahren 1810 - 1843 diese gedeihliche Zusammenarbeit zum Erliegen.
Allerdings konnte die dadurch entstandene schmerzliche Lücke in der seelsorgerlichen Hilfe für die Pfarrei gegen Ende des 19. Jahrhunderts durch Gründung einer Niederlassung des Redemptoristenordens in Cham und dem damit verbundenen Neubau einer Klosterkirche an der Ludwigsstraße wieder geschlossen werden.
Wichtige und kompetente Hilfe gerade bei der Erziehung junger Leute auf der Basis christlicher Wertgrundsätze erhielt die Pfarrei zudem bereits 1856 durch eine Niederlassung der Armen Schulschwestern auf den Gelände des ehemaligen Franziskanerklosters mit angeschlossener Mädchenschule, sowie 1923 durch eine Niederlassung der Maristen-Schulbrüder mit angeschlossenem Studienheim als christlich geprägtes Herz der sich entwickelnden Schulstadt Cham.
Gerade das 20. Jahrhundert brachte aber noch weitere, im wahrsten Sinne des Wortes einschneidende Veränderungen für die Pfarrei: Kam es doch gerade in diesem Jahrhundert dazu, daß sich Filialkirchen vermehrt aus dem Pfarrverband lösten, etwa Windischbergerdorf oder Wilting.
1940 schied auch Chammünster, wo bereits 1925 eine Expositur entstanden war, endgültig aus der Pfarrei Cham aus und bildete fortan einen eigen Sprengel.
1955 schließlich wurde das Gebiet im Westen der Stadt Cham von St. Jakob abgetrennt und dort eine neue Pfarrei unter dem Patronat des heiligen Josef errichtet.